程晓农祖籍南京，五十年代生于上海。初入中学即逢文革，旋赴安徽肥东县插队。与农民朝夕相伴数年，尝知稼穑之艰，农民之苦，官吏之贪。该县处江淮之间，物产丰富，然当地农民据实相告，“大跃进”时期全村饿死人口几占一半。惨祸之烈，甚于外寇入侵。农余遍读当时流行的马列政治经典，对照现状初萌对乌托邦理念之疑。1975年赴安徽地质局327队工作，供职综合计划科。1978年高考被录取，择赴京就读，入中国人民大学计划统计系，直至研究生毕业。以求实和独立思考的方式学习，尤感计划经济的理论漏洞百出、谬误至深。由此更加关注制度变革，如当时许多青年学子一样，投入经济改革的政策研究，愿以一己薄力促进国家的积极变革。

    研究生毕业后初到全国人大常委会办公厅研究室，得以了解最高立法机构的日常运作，也体认到身处集权式官僚体系内实难有自我期盼的作为。一年后即转到中国经济体制改革研究所，此系当时北京最吸引青年知识分子之地，思想活跃，束缚最少，使命感强。在该所曾任综合研究室主任。数年中参与经济政策的研究讨论，也多次与当时的改革领导者赵紫阳会议。深入到改革政策的制定过程中，愈发体会到改革之艰难和当时改革领导者之孤弱。从局内观，国家的变革仅凭理想和信念实难推展，事涉不同利益集团的互动，学者若限于经济思维而研究建议政策，其实用到底有限。欲把握转型的可能轨迹，宜充分认识改革的社会政治过程。

    1988年底应联邦德国艾伯特基金会邀请赴德国经济研究所作访问学者，转而关心社会主义国家的社会政治问题。访问期间1989年的天安门运动爆发，“六四”后国内形势剧变，原供职之研究所被当局关闭，多位同仁身陷囹圄，乃取消归国行程，留居海外。先后在法国、美国以访问学者从事转型中国家社会政治问题的研究，然后考入美国普林斯顿大学攻读博士学位。为深入研究原社会主义国家的转型，选择俄国这个与中国共通最多的国家为参照，习修俄文，20世纪90年代中后期数赴俄国的企业乡村调查。

    自1997年起接任在美国编辑出版的社会科学学术季刊《当代中国研究》主编，已历十年。《当代中国研究》如今拥有世界上90多个国家的读者，在中国更是广受欢迎。这个杂志既为国内学者独立自由的学术研究成果提供论坛，又帮助国内读者和世界各国的中国问题研究者深入了解今日之中国。